—违背了水“向低处流”的自然规律，一味堵截，只会让洪水积蓄能量，最终酿成更大的灾难。“治水当疏，不当堵。”禹在议事时对民工们说，“我们要顺着山势，疏通河道，让洪水顺着水道流入大海；再顺着地形，开挖沟渠，让平地的积水汇入河道，这样才能从根本上解决水患。”
治水的工程就此展开，禹带领民工们，逢山开山，遇洼筑堤，日夜劳作。他们用石斧劈开阻碍河道的岩石，用木耒挖掘泥沙，用竹筐搬运土石方。白天，禹与民工们一起在泥水中劳作，手脚磨出了厚茧，身上被太阳晒得黝黑；夜晚，他还要在帐篷中查看地图，规划次日的工程，常常彻夜不眠。
最让人动容的，是“三过家门而不入”的故事——彼时禹已与涂山氏女娇成婚，新婚仅三日，便踏上了治水之路。第一次经过家门时，已是治水的第三年，他听到屋内传来妻子分娩的**，还有婴儿的哇哇哭声（这个孩子便是后来的启）。助手劝他：“大人，您进去看看夫人和孩子吧，耽搁半日无妨。”禹却摇头：“洪水未平，百姓还在受苦，我怎能因家事耽误公事？”他站在门外，听着孩子的哭声，深深鞠了一躬，转身离去。
第二次过家门，是治水的第七年。彼时他的儿子启已能扶着门框走路，看到禹从远处走来，便挥舞着小手，喊着“爹爹”。女娇也走到门口，眼中满是思念。禹心中一暖，却只是挥手对妻子说：“好好照顾孩子，等我治水成功，定回家与你们团聚。”说完，便带着民工匆匆赶往下游的河道工地。
第三次过家门，是治水的第十一年。启已经长成十岁的孩童，看到禹，便跑过来拉住他的衣角，使劲往家里拽：“爹爹，你怎么不回家？娘说你再不回来，我都要忘了你的样子了。”禹蹲下身子，抚摸着儿子的头，眼眶泛红：“孩子，水还没治平，天下百姓还在等着我。等洪水退了，爹爹就再也不离开了。”他从怀中取出一块打磨光滑的石子，递给启：“拿着这个，等爹爹回来，教你辨认山川的形状。”说完，便毅然转身，继续赶路。
就这样，禹带领民工们治水十三年。他们疏通了九条主要河流（即“九河”，包括黄河、淮河、长江等），在黄河中游劈开了龙门山（今河南洛阳龙门），让原本堵塞的河水得以畅通；在淮河下游开挖了鸿沟，将积水引入大海；在长江流域修筑了堤坝，保护沿岸的农田。十三年后，中原的洪水终于退去，露出了肥沃的土地，百姓们纷纷从高地回到家乡，重建家园，种植五谷。
为了感谢禹的功绩，百姓们尊称他为“大
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