丙封为“耿侯”，赐耿地为封地，建立耿国，让祖丙率领愿意留下的公族与平民，在耿地继续生活。
祖丙受封后，在耿地积极开展重建工作：组织民众修复被洪水破坏的房屋与农田，修建水利设施防范后续水患；同时严格遵循商朝王室的政令，按时缴纳贡赋，定期前往邢地朝见祖乙，确保耿国始终处于商朝的统治体系之内。这一安排，既安抚了不愿迁移的公族，又将耿地纳入王室亲族的管控范围，避免了地方割据的风险，成为商朝“以分封制稳定地方”的早期实践，也为后世周朝分封制的发展提供了借鉴。
尽管迁都邢地后，商朝暂时摆脱了水患困扰，但祖乙并未停下“优化统治中心”的脚步。经过数年治理，祖乙逐渐意识到，邢地虽无水患，但“距离东部诸侯较远”，不利于管控东南方的夷族部落（如蓝夷、班方）；且邢地周边多为平原，缺乏天然屏障，若遭遇大规模外敌入侵，防御压力较大。祖乙八年（公元前1310年），在巫贤的建议下，祖乙决定进行第三次（也是最后一次）迁都，目的地为庇地（今河北邢台广宗县北大平台，又称“沙丘平台”）。
庇地的优势远超邢地：其一，地理位置更优越——庇地位于邢地东南方向，靠近大彭国，便于与这位忠诚的诸侯联络，借助大彭国的军事力量防范东南夷族；其二，自然条件更适宜——庇地地处华北平原与黄河冲积平原的交汇处，土地肥沃，水源充足，既适合发展农业，又有广阔的草原可发展畜牧业，能为都城提供充足的粮食与物资；其三，防御条件更完备——庇地周边有低矮丘陵环绕，可作为天然屏障，且距离商朝东部边防重镇较近，便于军事调度。
祖乙八年秋冬之际，商朝启动第三次迁都，次年（公元前1309年）春完成迁移。此次迁都后，庇地成为商朝最稳定、最繁荣的都城——祖乙在此营建了规模宏大的王宫与宗庙，筑起象征王室权威的社稷坛，修建了供贵族居住的营室与供平民交易的集市；同时推广先进的农耕技术，鼓励开垦荒地，庇地周边很快成为商朝的“粮食主产区”，手工业与商业也随之兴盛，都城人口大幅增长，呈现出“中兴”的繁荣景象。
在解决都城水患、稳定内部统治的同时，祖乙也将精力集中在“消除外部威胁”上——东南方的夷族部落（以蓝夷、班方为代表），自仲丁时期起就频繁袭扰商朝边境，虽经河亶甲的征讨有所收敛，但祖乙统治初期，这些部落趁商朝多次迁都、内部调整之机，再次活跃起来，不仅掠夺边境的粮食与奴隶，还袭击商朝的边防据点，甚
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