外做好战备，两者必须并重，不可偏废。在政治、军事并重的前提下，吴起更重视政治教化，用道、义、礼、仁治理军队和民众。他认为，只有让军队和民众在思想和行为上符合道德规范，才能形成强大的凝聚力和战斗力。同时，吴起还从战争起因上将战争分为义兵、强兵、刚兵、暴兵、逆兵等不同性质，主张对战争要采取慎重的态度，反对穷兵黩武。这一思想在《战国策》中亦有体现，反映了他对战争的深刻理解和对和平的珍视。
吴起的军事思想被认为是“反映了新兴地主阶级的战争理论、军队建设和作战指导方面的观点”，在中国古代军事典籍中占据重要地位。也因其在中国军事史上的重要地位，他与春秋时代的军事家孙武并称“孙吴”。
他进行了独特的兵役制度创新。
有学者认为，吴起在魏国创建了中国最早的、从应征人员中选募常备兵的兵役制度，即建立了魏“武卒”部队。其成员全部经过严格的考试和选拔，合格的标准极为苛刻。身穿全副甲胄，携带戈、剑、弩、欠（矟）和三日口粮，要在南拂晓到中午行军百里，只有达到这样的标准，才有资格成为“武卒”。录取后，按照各人的特点进行编组，例如将“有胆勇气力者，聚为一卒（编为一队）”，“能逾高超远、轻足善走者聚为一卒”等。这种编队方式有利于根据战术需要部署部队，在各队编组上，他也主张量材使用，按士卒具体情况分配战斗任务，如使“短者持矛戟，长者持弓弩……弱者给厮养，智者为谋主”等。同时还吸取了管仲组军的精神，注意“乡里相比，什伍相保”，使同乡邻居之人编在同一队、伍之中，以利于互相帮助和互相担保。凡入选的士卒，享受特殊待遇，不但免去全家赋税，而且还另行分配土地房屋。魏“武卒”被认为是“中国古代战争史上第一支具有职业化和专业性质的部队”，他们的战斗力在当时的中原地区无与伦比，为魏国的军事扩张和政治稳定立下了赫赫战功。
他在楚国变法也取得了辉煌成就。
在楚国时，作为令尹的吴起全力辅佐楚悼王进行变法。确立变法原则之后，他在楚国大刀阔斧地进行了一系列改革。首先，他主张“明法审令”，厉行“使私不害公，谗不蔽忠，言不敢苟同，行不敢苟容，行义不顾毁誉”的“法治”。这一举措为楚国的政治生活注入了新的活力，让国家的事务能够在法律的框架内有序进行。其次，“废公族疏远者”，废除那些非楚王直系的贵族的政治地位和经济保障，同时裁减群臣的俸禄，精简“无能”“无用”的官员，裁
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