圣杯战争！
围绕着能实现持有者心愿的，万能“圣杯”的争夺战！
在第三次圣杯战争过后……
原本创造了整个圣杯系统的御三家。
爱因兹贝伦、远坂、以及马奇里处于虚弱无力的状态。
这给了外人机会，以至于最后的最后，大圣杯系统因而被‘邪恶’势力所夺取！后来又被其他的魔术师搬运至别处。
至此，冬木市的圣杯战争，也迎来了所谓的终结。
然而，随着冬木市御三家的圣杯战争系统被公布，整个世界都陷入了哗然之中！至此，全世界范围内，所有拥有魔术师驻扎的领土，都在不断发生着被称之为“亚种”的圣杯战争……
原本召唤英灵这种只有在限定条件下才能成功的事情，开始变得稀松平常了起来。然而这些亚种的圣杯战争召唤的英灵数量有限，因此为圣杯提供的魔力并不充足，因此且无法帮助魔术师们，到达所谓的根源。
事情的发生地点，是从冬木市的圣杯被搬运至罗马尼亚开始！
该地区的领主，有着悠久历史的尤格多米雷尼亚家族，向魔术师圣地处于伦敦的时钟塔发起了宣战，并打算成立一个全新的魔术协会。
为了可以在这场与时钟塔的战斗之中取得胜利，他们利用冬木市御三家创造的圣杯系统，成功召唤了七名从者！
而时钟塔为了迎战尤格多米雷尼亚家族所召唤的英灵们，本着英灵只有英灵才能去对付的原则，利用了大圣杯的“非常时期机制”，另外召唤了另一派别的七名从者。
而圣杯本身，因为也召唤了一名特殊职阶的从者——裁定者（Ruler）。而故事的主线，就围绕在这红黑双方从者与御主之间的战斗以及和管理者的冲突而展开。
原本应该是这样的……
“主啊！你听到我的呼唤了吗？”
教堂之中，有着褐色肌肤雪白的短发，身上穿着红衣主教长袍，名为四郎·言峰的神父，向着他们伟大的‘一神’祈祷着。
“孩子，尽管我不知道你的主，有没有听到你的祈祷！”
“但是我成功的，听到了你的祈祷……”
就在四郎·言峰虔诚地跪拜在那神像前的时刻……
一道虚无缥缈的声音，赫然在四郎·言峰的脑海中响起，这让四郎·言峰的瞳孔顿时一缩，他的神色之中带着不可置信。
第一时间，四郎·言峰便认为，是有魔术师利用魔法，
…。。