徇私舞弊等结党现象十分明显，在发展的后期已经很难真正实现应有的作用。“长官往往博宽大之名，每届京察，只黜退数人，虚应故事，余概优容，而被劾者，又不免冤抑。”
朱翊钧在建立了反贪司和法纪司之后，京察被从新拿了出来，京察也改为有都察院主导。
在南京干一次京察，这也是朱翊钧早就想干的事情了，同时这也是在配合李彪那边的行动。
像南京这种地方，想要通过官场手段查出一名官员的罪证，可以说是难上加难。这个时代又没有巨额财产来源不明罪，一旦罪证被毁灭，那就很难查清楚，朱翊钧也没时间在这里浪费，索性就选择剑走偏锋。
朱翊钧在南京京察的消息很快就传了出去，自然也是一片哗然，然后就是恐惧了。