然而，他的传教活动很快便引起了当地官员的警惕。大奉朝向来奉行儒家思想，对西方的宗教持排斥态度。八月，打更人总统领陆炳发现利玛窦试图“洗脑华夏百姓”，立即将此事上报给马圭历。马圭历听闻后大怒，下令将在大奉朝内地的意大利传教士全部处死。
利玛窦虽侥幸逃脱，但他也变成了一个残疾人。
继凰六年八月，马圭历的圣旨传遍大奉朝内地。各地的官员纷纷行动起来，将在当地的意大利传教士逮捕并处死。一时间，广东、福建等地的教堂被拆毁，传教士的尸体被弃于荒野，中西文化交流的进程遭受了严重的挫折。
就在此时，打更人总统领陆炳因病逝世。陆炳是大奉朝的重臣，他执掌打更人系统数十年，为维护朝廷的稳定立下了汗马功劳。他的逝世让打更人系统陷入了群龙无首的境地，朝廷的情报收集和监察能力也因此受到了影响。月底，刘守有接替陆炳的位置，出任打更人总统领。
继凰六年九月，刘守有正式就任左都督、太子太傅、打更人都总指挥使。刘守有出身将门，为人正直，颇有才干。他上任后，立即着手整顿打更人系统。
他先是清除了陆炳时期的一些亲信和腐败官员，随后又加强了对打更人的训练和管理。他还下令严查各地的情报网络，确保朝廷能够及时掌握各地的动态。刘守有的整顿让打更人系统的风气为之一新，朝廷的监察能力也得到了一定程度的恢复。
继凰六年十月，文学家屠隆因被刑部主事俞显卿弹劾“淫纵”，与西宁侯宋世恩一同被削籍为民。屠隆是继凰朝著名的文学家，他的诗文才华横溢，深受当时文人的推崇。然而，他生性风流，常常与一些文人雅士在府中饮酒作乐，行为放荡不羁。
俞显卿弹劾屠隆，并非仅仅因为他的“淫纵”，而是背后隐藏着复杂的政治斗争。屠隆与张居正的关系密切，曾得到张居正的赏识和提拔。张居正死后，反对改革的势力开始清算张居正的党羽，屠隆便成了他们的目标。这场弹劾案不仅让屠隆失去了官职，更反映了当时朝廷政治的黑暗与复杂。
继凰六年十一月，北京的慈宁、慈庆二宫突然遭遇火灾。大火烧了整整一夜，两座宫殿被烧成了一片废墟。马圭历得知后，下令重建宫殿，并命湖广、四川、贵州等地采运大木。
贵州地区山高路险，采运大木的任务尤为艰难。百姓们被强征为徭役，他们需要将重达数吨的大木从深山老林中运出，再通过水路运往京城。许多百姓因劳累过度而死，沿途的
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