永春山区，与官军周旋。然起义军缺乏训练，又无粮草接济，仅月余便被官军击溃，吕尚四被俘，后被斩于泉州。
六月，福建倭寇猖獗，攻占宁德横屿岛，以此为据点，四处劫掠。帝下诏命戚继光率军入闽抗倭。八月，戚继光率戚家军从温州出发，渡海入闽。九月，戚家军趁退潮时，在横屿岛海滩上铺草前进，奇袭倭寇巢穴，斩杀倭寇千余人，收复横屿岛。随后，戚家军又在牛田、林墩等地大破倭寇，捣毁倭寇巢穴数十处，福建海患基本平定。
十月，广东饶平人张琏聚众起义，攻占闽赣粤交界地区数十州县，队伍发展至十余万人，自称“飞龙皇帝”。帝命俞大猷为总兵官，率军围剿。俞大猷采用“围而不攻、分化瓦解”的策略，先招降起义军部分将领，然后集中兵力进攻张琏大本营。十一月，张琏战败被俘，被斩于广州，闽赣粤交界局势趋于稳定。
十一月，紫禁城三大殿重建完成。奉天殿改称皇极殿，华盖殿改称中极殿，谨身殿改称建极殿，皇极门亦改名为会极门。新殿雕梁画栋，气势恢宏，帝在皇极殿举行盛大朝会，接受百官朝贺。
十二月，帝因担忧《永乐大典》孤本受损，下令重抄副本。《永乐大典》是永乐年间编纂的大型类书，收录古籍七八千种，堪称“天下之书，莫不囊括”。帝命翰林院学士张居正负责此事，选拔百名书法工整的书生，历时五年，终将副本抄成，藏于皇史宬，以保文化传承。
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天受十三年元月，泉州府爆发严重瘟疫，患者发热咳嗽，皮肤起斑，数日便死。瘟疫迅速蔓延，泉州城死者过半，街头巷尾尸骸遍地，惨不忍睹。朝廷虽派太医前往救治，却因药材匮乏，收效甚微。
与此同时，御史邹应龙、林润联名上奏，弹劾浙直总督胡宗宪“十大罪”，包括“侵盗军饷、贿赂严党、虚报战功、纵容倭寇”等。帝命将胡宗宪械押入京，东南抗倭高层指挥体系发生变动，帝任命俞大猷为浙直总督，主持抗倭事宜。
二月，帝经过两年的布局，先后铲除了严嵩在宫中的眼线，提拔了张居正、徐阶、高拱等亲信大臣，基本彻底掌握朝政大权。在张居正、戚继光的支持下，帝下诏整顿吏治，严厉打击文官集团的腐败行为，拉开了清理严党及依附文官的序幕。
三月，帝开启了先帝马正德留下的后手——一支潜伏在南北各地的秘密杀手队伍。这支队伍由先帝亲自组建，成员多为江湖侠客与退役士兵，专门用于制衡文官集团。一时间，南北各地的严党文官接连被刺
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